Cascadas: En el parque existen numerosas caídas de agua, aunque algunas de ellas no se encuentran cerca del recorrido común de los visitantes, la más conocida es la cascada Mexiquillo que cuenta con 20 metros de altura. Los tres ríos principales que cruzan el parque tienen diferentes caídas de agua que llegan a superar los 50 metros.

Túneles: Parte del recorrido principal del lugar es la ruta del camino llamado comúnmente “terraplén”, este camino fue habilitado a través del bosque para llevar las vías del ferrocarril, y, en las partes escarpadas, se construyeron túneles para salvar los terrenos difíciles de trazar. En Mexiquillo existen nueve túneles principales, todos con una amplitud de 5 metros y una altura de 6 metros para facilitar el paso del ferrocarril no construido, las longitudes van desde 100 metros hasta 1.68 kilómetros. Están construidos a modo de bóveda de cañón. Es altamente recomendable utilizar linternas en su recorrido ya que en su interior se pierde la visibilidad. El último túnel fue bloqueado en el año 2009 por un deslave ocurrido en tiempo de lluvias.

Bosque: El bosque del lugar es muy tupido, con mucha variación en la vegetación a causa de microclimas causados por la topografía y la altitud.